Đã trải qua khoảng 600 năm tồn tại, được xác nhận là có mặt vào thời Trần, khoảng nửa cuối thế kỷ XIII đầu thế kỷ XIV. Qua các đợt khai quật, các nhà khảo cổ học đã phát hiện nhiều di vật tại chùa Nậm Dầu, có những di vật chỉ thấy có mặt tại Hoàng thành Thăng Long, hoặc ở các công trình lớn và quan trọng của triều đình, có những di vật lần đầu tiên phát hiện được ở Việt Nam và ở miền Biên cương vùng núi phía Bắc như: Đầu đao hai mặt tạo nổi hình rồng với kích thước khá lớn, tượng rồng, cá chép, uyên ương,…được trang trí đẹp mắt. Cùng với những di vật, kiến trúc trang trí của ngôi chùa càng khẳng định ý nghĩa và tầm quan trọng có ảnh hưởng lớn với sự phát triển nền phật giáo vùng núi biên cương Hà Giang. Đại đức Thích Đức Chung, Trụ trì chùa Nậm Dầu cho biết: Chùa Nậu Dầu là ngôi Chùa hội tụ đầy đủ các yếu tố về phong thủy và linh khí, Ngôi chùa hiện diện nơi đây đã bỏ đi được nhiều hệ lụy cho người dân, tránh mê tin dị đoan, mọi người được đến chùa lễ phật, tụng kinh. Nghe quý chư tăng, tôn đức giảng giáo lý của Đức Phật, qua đó biết đoàn kết, yêu thương, đùm bọc nhau và hướng đến cái thiện, cùng nhau phát triển kinh tế…

Hoàn thành việc trung tu, tôn tạo vào năm 2007. Vẻ đẹp của ngôi chùa mang đậm nét văn hóa thời Trần nói riêng và Phật giáo Việt Nam nói chung được tạo nên từ sự hòa quyện giữa giá trị lịch sử, tâm linh và giá trị văn hóa nghệ thuật độc đáo. Ngày nay, chùa Nậm Dầu đóng vai trò quan trọng trong đời sống địa phương đồng thời góp phần vào thực hiện mục tiêu phát triển văn hóa du lịch tâm linh trên địa bàn tỉnh, huyện. Năm 2009 chùa Nậm Dầu được Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch công nhận là di tích cấp Quốc gia. PGS.TS. Dương Văn Sáu, Nguyên Trưởng Khoa Du lịch, Đại học Văn hóa Hà Nội chia sẻ: Các triều đại phong kiến Việt Nam luôn đề cao việc giữ gìn lãnh thổ, trong đó đã biết sử dụng các công cụ về tâm linh, các tôn giáo, tín ngưỡng để bảo vệ lãnh thổ của Tổ Quốc. Hòa quyện với tôn giáo bản địa để cùng phát triển. Có thể nói, đây đã và đang và sẽ trở thành một trong những điểm đến văn hóa tâm linh sáng giá của du lịch Vị Xuyên. Và đây là hướng đi đúng của tỉnh Hà Giang nói chung và huyện Vị Xuyên nói riêng về phát triển du lịch trong thời gian tới…

Nằm trong hệ thống chùa cổ của huyện Vị Xuyên, tỉnh Hà Giang, với những giá trị độc đáo, Chùa Nậm Dầu không chỉ tạo nên một vùng di tích đặc sắc, gợi mở cho các thế hệ nhiều điều về lịch sử của một vùng đất biên cương mà còn thu hút đông đảo du khách thập phương đến hành hương, tham quan danh thắng trở thành điểm đến du lịch tâm linh nổi tiếng của Hà Giang./.